12 Monkeys Season 2 tiếp tục câu chuyện ly kỳ về du hành thời gian, khi Cole (Aaron Stanford) và Cassandra Railly (Amanda Schull) đối mặt với những thách thức lớn hơn từ tổ chức "The Army of the 12 Monkeys." Mùa này gồm 13 tập phim và mở rộng câu chuyện bằng cách đào sâu vào các âm mưu và bí mật của các nhân vật.
Trong mùa 2, Cole và Cassandra tiếp tục cuộc chiến chống lại "The Army of the 12 Monkeys" và cố gắng ngăn chặn sự lây lan của virus apocalyptic. Họ phải điều chỉnh chiến lược của mình khi khám phá ra những âm mưu phức tạp và sự can thiệp của các thế lực mạnh mẽ khác. Mùa này cũng giới thiệu nhiều nhân vật mới và các yếu tố du hành thời gian phức tạp hơn, đồng thời mở rộng bối cảnh câu chuyện và làm sáng tỏ các bí mật quan trọng.
12 Monkeys Season 2 duy trì phong cách hành động kịch tính và các tình tiết hấp dẫn của mùa đầu tiên, đồng thời phát triển sâu hơn các mối quan hệ giữa các nhân vật và các yếu tố của câu chuyện về du hành thời gian.