12 Monkeys Season 3 tiếp tục câu chuyện ly kỳ về du hành thời gian và các âm mưu của tổ chức "The Army of the 12 Monkeys." Mùa này gồm 10 tập phim, tập trung vào những cuộc chiến mới của Cole (Aaron Stanford) và Cassandra Railly (Amanda Schull) khi họ nỗ lực ngăn chặn kế hoạch của "The Army of the 12 Monkeys" và các thay đổi trong dòng thời gian.
Câu chuyện trong mùa 3 đi sâu hơn vào các yếu tố du hành thời gian và những cấu trúc phức tạp của thế giới mà các nhân vật đang sống. Các nhân vật phải đối mặt với những kẻ thù mới và các tình huống nguy hiểm, đồng thời khám phá những bí mật lớn hơn về "The Army of the 12 Monkeys" và âm mưu của chúng.
Mùa 3 mang đến những tình tiết kịch tính, sự phát triển sâu sắc của các nhân vật, và các tình huống căng thẳng, tiếp tục làm phong phú thêm câu chuyện và khám phá các chủ đề về số phận, thời gian, và sự hy sinh.